Il territorio dell'Honduras soffre di una grave deforestazione. Nel 2000 il 48,1% della superficie totale del paese era coperto da foreste, ma ogni anno scompare l’1,03% della superficie forestale. Nel 2003 sono stati abbattuti 9,50 milioni di metri cubi di legname. Un alto tasso di crescita della popolazione, del 2,16% (2005), e un alto tasso di crescita urbana mettono sotto forte pressione la foresta e il territorio in generale.
L'inquinamento delle acque è un altro grave problema ambientale in Honduras. I metalli pesanti prodotti dalle attività estrattive inquinano il lago di Yojoa, la più grande riserva di acqua dolce del paese. Anche se quasi tutti i residenti dei centri urbani dispongono di acqua potabile e servizi igienici, la situazione nelle zone rurali è più precaria.
Il governo dell'Honduras ha dichiarato protetto il 20,8% (2003) della superficie totale del paese. Tra le aree protette è compreso il Parco nazionale Río Plátano che è stato dichiarato World Heritage Site nel 1982. Il governo ha sottoscritto accordi internazionali sull'ambiente in materia di biodiversità, cambiamento climatico, desertificazione, specie a rischio d’estinzione, abolizione dei test nucleari, protezione dell’ozonosfera, del legname tropicale e delle zone umide e la Convenzione sul Diritto del mare.
La costa dei Caraibi è periodicamente colpita da uragani. L'uragano Mitch ha devastato l'Honduras nel 1998, causando inondazioni e colate di fango che hanno ucciso migliaia di persone e devastato i raccolti del paese.
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